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巴斯夫超級計算機加入抗“疫”戰隊
  瀏覽次數:8965  發布時間:2020年06月17日 13:40:23
[導讀] 向科研團體免費開發包含數百萬條目的物質庫。超級計算機Quriosesity助力全球性項目COVID Moonshot。
 
為快速找到有效抑製新冠病毒的活性成分,世界各地的學術機構正通過細胞培養測試已批準的病毒類藥物的有效性,雖然這些藥物已用於治療其他病毒性疾病,但可能對新冠病毒作用有限,因此還有必要尋找活性成分的改進衍生物。為此,巴斯夫研究人員對公司內部包含數百萬種分子的物質庫進行了計算機輔助搜索,以尋找類似的化合物,並最終確定了150種有希望的候選化合物。巴斯夫免費向各大學術工作團隊提供這些化合物,並允許其用於研究,無需支付任何專利費。

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來自計算化學部的化學家們同時開始了另一條尋找活性成分的途徑,即利用計算化學的知識幫助篩查活性組分。他們得知一家生物技術公司PostEra正開展一項名為COVID Moonshot的項目,該項目通過來自全球的科學家誌願者尋找新冠病毒主蛋白酶的抑製劑,阻止病毒在人體內自我複製。巴斯夫研究人員也加入其中,共同尋找有效抑製劑,在巴斯夫內部開發的計算機程序和超級計算機Quriosesity的幫助下設計出許多新型分子。

最終,他們通過計算機模擬找到了20個最適合主蛋白酶活性位點的分子,並將相關分子信息免費提供給該項目,作進一步研究。

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巴斯夫數字生物科學研究部的計算化學主任Klaus-Jürgen Schleifer教授解釋道:然而,這些通過計算機模擬得來的分子,我們並不確定它們能否被準確合成。”

為此,巴斯夫研究人員也在嚐試第三種尋找活性成分的方法:借助超級計算機,對一家COVID Moonshot項目的合約製造商理論上可以合成的所有化合物進行效能測試。可能的化合物多達約12億種,巴斯夫團隊就其抑製新冠病毒主蛋白酶的潛力進行一一計算。這種篩查方法的好處是,所有篩查下來的的活性分子都可以快速合成,然後在實驗中接受測試。巴斯夫將通過COVID Moonshot項目公開這些結果。

巴斯夫擁有自己的超級計算機Quriosesity,並開發了自己的計算機程序用於分子設計。此次巴斯夫充分發揮強大的研究能力,通過多種方式幫助尋找病毒解藥,為抗擊新冠疫情貢獻一份力量。